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分析基因组数据时,频繁需要料到基因的RNA罗致性剪切样式,即内含子和外显子的位置和数目。料到是基于RNA剪接的保守性序列“GU-AG”轨则,即内含子5’端序列一般是GU,而3’端一般是AG,虽然它们隔邻的序列亦然有一定例律的,但不是很保守。证实这一特质并聚拢ORF, Blast等数据就可以对未知基因的训练mRNA序列进行料到。
底下推选几个相比专科的RNA剪切料到网站:
Augustus (功能尽头宏大,料到相比准确,并莫得物种特异性,浓烈推选)
https://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/submission.php
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2. SplicePort (功能也很全面,推选)
奇偶比分析:近十期奇偶比为26:24,奇数码出现概率较热。本期看好奇数号码出现概率走高,参考奇偶比4:1。
https://spliceport.cbcb.umd.edu/
3. GeneSplicer (只针对以下几个物种:Plasmodium falciparum (malaria), Arabidopsis thaliana, human, Drosophila, and rice)
小程序开发https://www.cbcb.umd.edu/software/GeneSplicer/gene_spl.shtml
4. NetGene2 (只针对:Human, C. elegans, A. thaliana)
https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetGene2-2.42/
5. MaxEntScan (只针对 Human)
http://hollywood.mit.edu/burgelab/maxent/Xmaxentscan_scoreseq.html
6. SPCards
http://www.genemed.tech/spcards/home
该谈判全球发布了迄今最全面的东谈主类剪切突变数据库及剪切变异分析平台。谈判将18款剪接变异料到软件集成到SPCards数据库并评估不同软件的性能。效能发现剪切变异软件在识别剪切供体区域和剪切受体区域的剪接变异推崇出不同的性能。在剪切供体区间Kipoisplice,dbscSNV ADA,Spliceogen和SPiCE 的料到性能最佳,小程序开发价格而在剪切受体区间dbscSNV ADA,SPiCE,dbscSNV RF和regsnp推崇更好的料到性能,这请示在进行剪接变异料到时应证实不同的区域作念一定的权重性罗致。
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7. RNA splicer
https://rddc.tsinghua-gd.org/ai/rna-splicer
以上只针对某某物种的不代表其它物种不复古,仅仅效能可能不很准确,关于合并基因,可以参考聚拢以上不同的职业器给出的效能。
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